Este taller ofrece una introducción a la genómica de poblaciones. Las charlas se entregarán durante un período de 8-10 días en Oxapampa, Perú, con un componente dedicado a análisis e interpretar datos RAD-Seq y otros tipos de datos de secuenciación de ADN de última generación. El curso examinará los procesos evolutivos que afectan las frecuencias de los alelos de las poblaciones naturales: mutación, deriva genética, selección natural y el flujo génico. La genética de poblaciones ha tenido una larga tradición matemática y es rica en teoría y datos empíricos. En este curso, examinaremos todos los aspectos a través de modelos matemáticos, métodos para medir la variación genética y análisis bioinformático con datos reales de RAD-Seq. El enfoque taxonómico será amplio e incluirá organismos modelo y no modelo. Con la revolución de la genómica, la teoría de la genética de poblaciones ha renovado la relevancia para comprender los patrones de diversidad genética a escala genómica, como un medio para identificar genes de importancia para las enfermedades humanas, enfermedades y crianza, y para desarrollar estrategias de conservación y manejo.
La instrucción será en inglés.
- Historia de la genética de poblaciones
- Frecuencias de los alelos, frecuencias de genotipo y equilibrio de Hardy-Weinberg
- Deriva genética y mutación
- Teoría coalescente
- Subdivisión de población
- Historia de la población y la demografía
- Efectos de la migración
- Desequilibrio de ligamiento y mapeo génico
- Seleccion natural
- Teoría neutral y pruebas de neutralidad
- Genética cuantitativa
- Genética de la conservación
- Historia del estudio del polimorfismo genético
- ¿Qué es una perspectiva genómica?
- Protocolo dd Rad
- Evaluación de calidad y filtrado
- Ensamblaje y alineación de secuencia
- BLAST al genoma de referencia
- Selección de datos
- adegenet
- SplitsTree
- PopGenome
- STRUCTURE y ADMIXTURE
- BayeScan
- Maximum likelihood
- BEAST